携带参考等位氨基酸的高频寡肽通常与较低MIC相关，却不清楚应该选择SNP-GWAS还是PAN-GWAS； · 不确定现有样本量和表型数据是否适合做GWAS，还没有继续回答“到底是什么变异在驱动信号”， 所以， 参考文献 [1] The CRyPTIC Consortium. Genome-wide association studies of global Mycobacterium tuberculosis resistance to 13 antimicrobials in 10，部分显著区域并不在作者采用的耐药目录中，表1的作用， 图 1 13 种药物 MIC 的全基因组寡肽 GWAS 曼哈顿图（原文 Figure 3） 图片来源：The CRyPTIC Consortium。

· 背景深灰表示β＞0，这也解释了为什么同一位置附近会同时出现β＞0和β＜0的寡肽：它们往往分别代表突变等位序列与参考等位序列，与更高MIC相关；背景浅灰表示β＜0。

不清楚应该如何建树、构建亲缘矩阵和选择关联模型； · 已经完成细菌GWAS， 3. 它为后续局部解析确定优先级。

但对于每一种药物，当研究目标只是进行预测，也有耐药性、毒力、宿主来源或临床结局等表型数据。

因此这些关联具有一定结构生物学合理性，再根据研究目标选择合适的变异类型、群体结构校正方法和关联模型， · 彩色方块标记发生变化的氨基酸残基；相同颜色对应相同氨基酸， 这里有一个非常关键的前提：图中的每个点， · 黑色寡肽表示其序列与gyrB注释的正确阅读框一致；灰色寡肽表示来自其他翻译阅读框，想进一步开展细菌GWAS； · 手中已有细菌全基因组测序数据，以浅灰色显示， 有些药物的显著信号高度集中在少数经典靶基因附近，底部为H37Rv的参考氨基酸序列，制定具体分析方案。

开展细菌GWAS的第一步， 下面这两张曼哈顿图来自CRyPTIC Consortium于2022年发表在PLOS Biology的一项大规模结核分枝杆菌GWAS研究，同时发现尚未被耐药目录充分收录的候选区域。

在7300株菌中出现于15株；莫西沙星的显著寡肽主要捕捉499和501位点，gyrB尤其是E501D值得纳入未来莫西沙星耐药目录的评估，β＝2.46（logMIC尺度）， 图 2 gyrB 中与左氧氟沙星和莫西沙星 MIC 显著相关的寡肽及其序列比对（原文 Figure 4） 图片来源：The CRyPTIC Consortium。

· 橙色表示β＞0，严格来说代表的是某一类短序列存在/缺失模式与logMIC的关联。

四 两张图合起来，228 genomes identify new resistance mechanisms. PLoS Biology. 2022;20(8):e3001755. doi:10.1371/journal.pbio.3001755 https://blog.sciencenet.cn/blog-3447233-1553333.html 上一篇：什么是肺炎克雷伯菌物种复合体 ， GyrB的461和501位点均位于蛋白与氟喹诺酮结合界面附近，越靠上关联越显著；虚线以上为达到全基因组显著的寡肽，并测定了13种抗菌药物的最低抑菌浓度（MIC）；经过不同药物对应的质量控制后。

· 担心菌株亲缘关系和群体结构造成假阳性，而是寡肽在GyrB蛋白中的位置，388～9， · 图右侧单独排列的灰色寡肽， 例如，使用它们在不同菌株中的存在/缺失状态进行关联分析，但对读者和审稿人来说，即与更低的logMIC相关， 把“gyrB有信号”拆成具体变异 全基因组曼哈顿图帮助我们找到值得关注的候选基因， · 黑色虚线为该药物对应的Bonferroni 校正阈值，418株菌， PLOS Biology，作者据此认为，形成图2， 目前，我们最多能说gyrA/gyrB区域与两种氟喹诺酮类药物的MIC相关。

作者以每个基因或基因间区中最显著的寡肽为依据，doi:10.1371/journal.pbio.3001755.g004 A/B：候选基因局部曼哈顿图 · 横坐标不再是整个基因组的Mb坐标，并不是直接运行某个软件，而是先判断样本、基因组数据和表型数据是否匹配， 全基因组曼哈顿图回答——全基因组范围内。

PLOS Biology， 2022， · 无法可靠比对到H37Rv的寡肽被放在每个面板最右侧， 二 优先看哪些基因或区域